ФАС поручила заняться созданием системы своей подведомственной структуре — федеральному бюджетному учреждению «Информационно-технический центр ФАС России» (ИТЦ ФАС). На разработку ИАС ГОЗ в бюджете было предусмотрено 55 млн руб. Однако ИТЦ ФАС не стал осуществлять разработку самостоятельно, а передал практически все проектные работы на субподряд стороннему исполнителю — компании «Ланит». Сумма контракта с исполнителем составила 37 млн руб. Оставшееся 30% средств ИТЦ ФАС оставил себе, поскольку занимался администрированием проекта.
Счетная палата отмечает, что в данном случае были нарушены нормы Бюджетного кодекса и закона «О некоммерческих организациях», согласно которым госучреждение должно было самостоятельно выполнить госзадание. Передавать его выполнение другим юридическим лицам оно не имело права.
В конце 2018 г. было решено, что созданием ИАС ГОЗ займется единственный исполнитель. Предполагалось, что с его кандидатурой определится Правительство России. Но ФАС выдала 288 млн руб. субсидии ИТЦ ФАС. Поскольку данное учреждение не выполняло работ, средства подлежат возврату в бюджет.
При этом у Минфина есть специальная методика для расчета остатка субсидий, которые возвращаются в бюджет по причине невыполнения госзадания. С применением этой методики ФАС подсчитала, что должна вернуть в бюджет всего 36% от всей суммы, то есть 105 млн руб. Одновременно с этим антимонопольное ведомство заявило, что готово вернуть средства в полном объеме. Однако министерству пока непонятно, как это можно оформить с юридической точки зрения.