В 2011 году Сысоев вместе с Максимом Коноваловым и Андреем Алексеевым создали компанию Nginx. В 2019 году Nginx купила американская компания F5 Network за $670 млн. В том же году начались судебные тяжбы с компанией Rambler Group, в которой Сысоев работал системным администратором до создания Nginx.
Rambler заявил о правах собственности на веб-сервер Nginx в России. Было возбуждено уголовное дело по обращению Lynwood, которой Rambler уступил права на предъявление претензий. Тогда в московском офисе Nginx прошли обыски, а создатели сервиса Игорь Сысоев и Максим Коновалов были допрошены полицией. В конце апреля стало известно, что Генпрокуратура нашла основания для прекращения дела.
Код, созданный Игорем Сысоевым, поддерживает большинство веб-сайтов, работающих во всем мире, отметили в Nginx. Сегодня веб-сервер и сопутствующие инструменты Nginx используют свыше 374 млн веб-сайтов, в том числе крупнейшие российские интернет-проекты — «Яндекс», продукты VK (бывшая Mail.ru Group) и многие крупные зарубежные компании.